对于四合院的改造，建筑界一直在进行不断的尝试，其中最有名气的便是吴良镛先生的菊儿胡同住宅改造工程。历史悠久的菊儿胡同是北京胡同文化的一个缩影，但也曾是危旧房较为集中的街区。清华大学教授吴良镛先生用“有机更新”的理论成功地进行了这片胡同的改造。
城市是在不断发展的，有它的过去，现在与将来。北京这样的历史名城也有一个延续的过程。一个城市是怎样发展过来的，这对城市建设而言至关重要。作为历史文化名城的首都北京，实行的大规模危旧房改造的模式对于各个中小历史文化名城起着示范作用。吴良镛教授提出的“有机更新”主张“按照城市内在的发展规律，顺应城市之肌理，在可持续发展的基础上，探求城市的更新和发展。”这一理论在菊儿胡同改造时得到成功实践，建立了“新四合院”体系。200多户居民居住在这条438米的菊儿胡同里。两条南北通道和东西开口，解决了院落群间的交通问题。功能完善设施齐备的单元式公寓组成的“基本院落”，即新四合院体系。原有树木尽量保留，结合新增的绿化、小品，新的院落构成了良好的“户外公共客厅”。重新修建的菊儿胡同新四合院住宅按照“类四合院”模式进行设计，高度基本上是胡同—院落体系，维持了原有的胡同—院落体系，同时兼收了单元楼和四合院的优点，既合理安排了每一户的室内空间，保障居民对现代生活的需要，又通过院落形成相对独立的邻里结构，提供居民交往的公共空间。
菊儿胡同新四合院, 在保证私密性的同时，利用连接体和小跨院，与传统四合院形成群体，保留了中国传统住宅重视邻里情谊的精神内核，保留了中国传统住宅所包含的邻里之情。菊儿胡同新四合院住宅工程曾获1992年世界人居奖，这也标志着世界对菊儿胡同及其文化内涵的认同。菊儿胡同改造不仅是北京旧城改造的成功范例。
吴良镛认为，“今天盖房子数量特别多，规模很大，所以现在不是盖房子，实际上是在盖城市。”因此，他认为建筑师应当认真研究城市环境，否则，给城市风貌带来的破坏，不是局部的，而是整体的。
上一世纪的70年代起，吴良镛提出了“如何保护北京古城”这一命题。90年代初，他设计的“菊儿胡同”获得了联合国1992年世界人居奖、亚洲建协优秀建筑设计金奖。1999年，他在国际建筑家协会第20届建筑大会上，以这次大会的科学委员会主席和国际建协《北京宪章》起草人身份走上讲台，郑重向中外建筑师提出了“我们将把一个什么样的世界交给我们的子孙后代”这个发人深省的问题。《北京宪章》提出：“文化是历史的积淀，它存留于建筑间，融汇在生活里，对城市的营造和市的行为起着潜移默化的影响，是城市和建筑的灵魂。”
城市的灵魂就在街道、胡同、四合院这些与居民生活息息相关的场所里，这些场所就像细胞一样，就像表皮下面纵横交错的血脉一样，组成了城市的肌理，要保护好古城风貌，关键就在于保护好古城的肌理。
他认为一个城市总是需要新陈代谢的，但是，这种代谢应当像新老细胞更新一样，是一种“有机”的更新，而不是生硬的替换。只有这样，才能维护好古城的整体风格与肌理。吴教授一向重视地域文化。他认为，不同的文化名城具有不同的地域文化内涵，其城市风格与肌理也各不相同，譬如苏州的城市肌理就和北京不一样，但是，都可以运用“有机更新”的思路，来保护好古城的肌理和灵魂。
吴良镛设计“菊儿胡同”，就是对传统四合院的一种“有机更新”。它不是简单地抄袭过去已有的建筑模式，而是前所未有地创造了一种既适应于北京老城原有的肌理，又适合于现代人居住的一种新的场所。他认为把“菊儿胡同”说成是新四合院，不如说“类四合院”更好一点。
吴教授说，现在独门独户地居住四合院的人少了。传统的四合院通常都是“独院”，而实际上，现在多数“独院”早已变成为“杂院”，许多人家挤在一个小院里，没有煤气，没有卫生间，有的甚至还没有厕所。显然，这样的四合院，居住质量是并不高的。
既要满足老北京对居住四合院的喜好，又要让他们住得舒服，这就是设计“菊儿胡同”的宗旨。可以说，“菊儿胡同”就是专门为普通老百姓设计的。
“菊儿胡同”里也有一个共用的院落，里面仍然住着多户人家，但人们相处在一起不显得拥挤。齐全的煤卫设备，使生活舒适方便。
在营造“菊儿胡同”时，吴良镛始终坚持了以下几条原则：第一，采用普通材料，造价不能贵；第二，面积不能太大，每家使用面积分别为45、70、90平方米，让中等收入的家庭也能买得起，住得起。此外，他特别提出，“菊儿胡同”中的院子都围绕老树设计，因此很有趣味。胡同中原有的每一棵老树，不但受到精心的保护，而且，在设计中享有一席之地。
北京菊儿胡同里的人居气氛的确十分优雅：黑瓦白墙的色彩，高低错落的楼群，安静宜人的环境。那里看不到旧四合院那种拥挤和随意堆放的杂物。
吴教授认为，北京的四合院，有些属于文物建筑，要加以认真保护。有些年久失修，最好还是按旧城的原有肌理加以维修。如果属于必须全部拆除的危房，一旦新修，也应当与原有的城市肌理取得协调。“菊儿胡同”属于危房重建一类。他指出，国际上对历史文化名城大拆大改差不多没有成功的范例，而小改小修可使旧城常改常新，城市的传统也得以传承。
可悲的是，近代中国的城市建设史是一部“拆”的历史。传统建筑、古代民居被一大片一大片地拆除了，拔地而起的是一座座隔断了我们传统文脉、迫来的方盒子。而城市建设应该是有继承性的，没有了继承、没有了传统、也就没有了东方建筑的未来。好在已有像吴先生这样对中国式的现代住宅的探索者，但这刚刚是个开始，将来的路还很长。
所谓仁者见仁智者见智，有人愿意去安定门外闻味儿，然后评为举世无双也是各有一好