实际上，Zion同样是一个虚拟的系统，我将它称为Zion世界或Zion系统。而不是什么real world。仔细研究Neo和创造者Architect的对话，你会发现导演已经把这个事实交代的清清楚楚了。
Neo正是从单手挡乌贼开始怀疑Zion世界的真实性的，所以他见到先知Oracle的第一个问题就问挡乌贼是怎么回事，Oracle让他去找Key maker以同Architect见面。Architect告诉Neo，他设计了Matrix世界，并且失败过好几次。后来一个“人类直觉检测程序”——也就是Oracle提出了另一个方案，也就是现在采用的方案，即让99％的人仍然生活在Matrix里面，这些人对世界没有什么怀疑，甚至没有意识到自己还能选择，这些人运行的不过是系统编写的有人类特征的代码而已，没有什么自主意识；另外1％的人自主意识比较强，总是对Matrix产生怀疑，于是系统内核Source构建了Zion世界
让这1％的人生活在里面。Zion世界里的人总是试图从Matrix世界里解救出对Matrix产生怀疑的人，其实是帮助系统从Matrix里清除掉不稳定因素。每隔一段时间就会产生救世主程序——The One，The One是Source编写的可以运行在Matrix和Zion两个系统中的程序，他负责搜集有bug和异常的那些程序并把他们集中到Zion。然后The One在Oracle的引导下见到Architect，Architect照例给他两个选择，前五任救世主都出于悲悯天人的情怀选择了重建Zion，这样Zion被毁灭，系统得到稳定，同时救世主带领从Matrix中挑选的16个男人和7个女人重建Zion。顺便说一句，Neo和Trinity之间的爱情也是先知安排好的，所以她才告诉Trinity她将会爱上救世主。先知冒险的设计利用爱情的未知力量来进行系统升级——先知说过：Architect不过是一个系统的平衡者，他总是希望系统能回到最初的稳定状态因而不断地利用Zion排除bug和异常并重建Zion；而先知Oracle与Architect恰恰相反，先知总是试图打破这种平衡，让系统在未知的混乱中获得新的源泉，从而完成系统升级。创造者总在打补丁，先知却想升级，所以第三部最后一幕创造者一上来就问先知你这游戏是不是玩的太危险了——Neo由于爱情与前五任救世主不同的选择，Smith病毒的疯狂复制以及在Matrix和Zion两个系统中的传播。如果Neo打不过Smith，那么病毒将全面侵占系统，系统崩溃，当然所有人都死去——当然Smith和Neo不过是同一段程序的两种表现形式。Neo明白了以上事实，也就获得了在Zion世界中的超能力（Zion世界是模拟真实世界建立的世界，是真实世界和Matrix世界的中间层，第一部中Neo明白了Matrix世界的代码本质从而获得Matrix世界中的超能力），在第三部中与系统核心Source作了交易，即帮系统干掉Smith，同时保存Zion世界而不将其毁灭。最后Neo和Smith同归于尽共同湮灭，系统顺利完成升级，先知得到了胜利。至于新的系统中有没有the one程序就不得而知了。但系统会遵守承诺保留Zion世界，同时给予那些想出去的人“自由”——想离开Matrix的人和想离开Zion的人，当然，除Neo外还没有人明白Zion世界的本质。
顺便提一句，Neo有双重身份，一方面他确确实实是一个人，这一点Architect跟他说了，另一方面在他这个人的载体上运行这the one程序。当the one程序和病毒程序同归于尽共同崩溃时，Neo在Zion世界中的意识即不复存在，但他的肉身仍然在生存着。
我觉得这部电影其实不是讲人类和机器的斗争，而是讲机器文明进化升级的过程。Smith反复在讲，任何事有始就有终，人类文明已经终结了，现在是机器文明，而它正在进行着进化。结尾时创造者问先知到底这种稳定和平能持续多久——指升级后的新系统，电影里是阳光普照一片光明的样子——先知回答说越久越好。实际上这只是先知的良好愿望，装过机的人都知道系统重装或升级后都会有一段性能非常好的时光，但随着时间推移系统bug漏洞会越来越多，运行速度会越来越慢，还会感染病毒木马什么的。可以肯定新系统最终还是会陷入问题当中。当然，按照Smith讲的有始就有终，机器文明肯定也有它的终点。如果我来拍续集，我就会拍机器文明的终结和新的文明的诞生。
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