3老头好像是影射三位一体

秩序耶和华，混乱路西法，全系列通用。
另外，中立阵营的老大是太上老君。

那少女不就路西法么

三老头是麦基三博士吧

少女就是女装的鲁西法，这次又充当了古蛇的角色。
三老者是影射了“东方三博士”，作为秩序侧的代言人。不过没有鲁西法那么明确。

sj里没有太上老君。作为中立=人类立场代表的，是超人化的柯尔队长。

我倒想知道最后隐藏BOSS和那个天之声又是啥来头，有谁和我解释下？

在si的世界观里，因为人类的信仰心低下，所以一神教vs多神教的战争中惟一神吃了败仗，被象征多神势力的古老神明分裂继而贬低。（其实这种事，惟一神也对那些古神用过）

那个隐藏BOSS，就是继承了神力的一个分身，大天使麦塔特龙希望解放它，壮大惟一神的力量。从神魔出典上来说，它是基督教惟灵派中物质世界的创造者。但是惟灵派认为是由于物质世界的各种欲望玷污了灵的纯洁，所以物质界的创造主也是邪恶的伪神。任务名“伪神的囚禁”就是这么来的。

在以前的女神转生里，惟一神和天使军团，以及臣从的秩序侧众神总是比较强势的。但是sj里多神教的古神并不只象征那些宗教偶像，它们还代表了迫切需要恢复活力的地球本身，这是一场原始生态对人为秩序的竞争。