你这有emu就说明带了虚拟NAND，你以前是不是用这SD卡做过RX之类的系统？
我来解释一下，正常来讲，现在A9引导是直接进SYSNAND的，因为推荐这样做，所以一般教程里都把LUMA启动项里的AUTOBOOT SYSNAND钩上了，就是开机直接进SYSNAND
你的SD卡上没清干净，还留着EMUNAND，通常做A9有一个步骤是如果你想要把你的EMUNAND转移到SYSNAND，是要做一步备份还原，然后格式化SD卡的
部分游戏吃内存特别多，在退出游戏的时候会顺便重启一下系统（比如这次口袋日月），LUMA的引导可能没有做部分的判断，所以在有EMUNAND的情况下，这种时候的启动则自动进入了EMUNAND
EMUNAND和SYSNAND一般来说是两个系统，你可以在你的SD卡上看看Nintendo 3DS/(32位字符串)/下是不是有两个另外的(32位字符串)文件夹，上一层的32位字符串是对应机器，这一层则是对应系统ID，你所有的游戏（数字版，CIA）都是装在对应系统ID的文件下，所以进了EMUNAND之后，自然是看不见SYSNAND里安装的东西的。
解决方法如下：复制所有SD卡上内容到硬盘上，如果你的EMUNAND里没东西，那可以删掉我上面说的32位字符串文件夹，理论上大小应该只有5M。使用GODMOD9移除EMUNAND并格式化SD卡。把之前备份到硬盘上的东西拷回来。
嫌麻烦也可以放置，并不影响，除了占用1G SD卡的空间。
发现你对系统的上这些问题缺乏一定的自我判断用的知识，对3DS的破解理论可能有不足。光照教程走虽然没问题，但是理论知识可以帮助你应对突发情况。
参考：
https://3ds.guide/目前最完善的3DS破解教程（英文）
