国际上很少见到在医院层面施行总额预付制的做法。英国是在整个国民健保系统的范围内实行总额预付。加拿大和中国台湾地区是在地区范围内实行总额预付。美国退伍军人医疗系统也是在整个系统范围内实行总额预付。
我国在医院层面实施的总额预付制，有如下几大弊端：
首先，在医院层面实施总额预付制，违背总额预付制的前提：医疗机构的患者来源构成稳定。总额预付一般基于历史信息、考虑一定年度增长率确定医疗机构的预付总额度。在患者来源构成稳定的情况下，这样确定的额度一般与医疗机构实际发生费用相差不大。当患者来源构成不稳定时，患者数量、疾病谱和严重程度波动大，导致医疗机构实际发生费用波动大，跟预先确定的总额度出现明显差距，加重医保部门和医疗机构间的冲突。显而易见，我国大量跨地域就医的事实，决定医院的患者来源构成波动性很大，不满足总额预付制的前提。正因如此，国外一般将总额预付制适用于跟一定地域范围内所有居民签约的社区医疗机构以及有相同特征的医院。
其次，在医院层面实行总额预付制，易导致医院层层分解指标，违背保险发挥作用的基本原理—大数法则。医疗保险制度的基本原理是利用大数法则分散风险。参保人数越多（按保险业术语说就是风险池越大），风险分散程度就越大，医保基金风险就越小。在医院层面实施总额预付制，等于是把一个大的风险池分级为一个个小风险池，每个小风险池对应着一个医院，每个池子分散风险的能力就弱了。因此，推诿危重和高费用病人就成为总额预付制的一个自然特征。
如下所述，我国公立医院的垄断地位、体制和管理水平易促使公立医院将医保资金定额分解到科室，甚至到医生。这导致风险池越来越小，医保的风险分散功能越来越弱，事实上等于把风险转嫁给医生承担。在这种情况下，推诿危重和高费用病人自然也成为医生的最优选择。
再次，在医院层面实施总额预付制，不利于兴办新医疗机构。新医疗机构由于没有历史信息，发展过程中业务量逐渐增加，医药费用同步增多。显而易见，总额预付制限制新医疗机构的发展壮大，很容易固化现有医疗机构的既得利益，固化垄断格局，不利于引入和扩大竞争。
最后，总额预付制抑制医院采用新技术、新药品、新设备，一定程度上妨碍医疗技术进步。
四 公立医院垄断加重总额预付制弊端
总额预付尽管不是一个好的选择，但因为地方医保部门有积极性，目前开始在全国普遍推开。如果总额预付制或者按每人次平均定额付费仅止于医院层面，院长在整个医院层面上统筹使用整个医保资金定额，可以使这笔医保资金得到最优使用。道理很简单，科室层面患者人次、疾病严重程度及医疗费用的波动性一般比医院层面要大。医生层面情况更是如此。因此，在医院这个大池子层面统筹使用医保资金，显然比分解到科室和医生个人头上风险分散效果更好。换句话说，如果院长不把这个医保预防定额分解到科室乃至医生，不管是总额预付，还是按每人次平均定额支付，弊端都会小一些。
现实中，医院普遍把医保指标分解到科室乃至医生。去年网络上披露的广州的那个案例，事实上此前许多案例，比如上海、保定，均说明医院普遍把医保指标分解到了科室乃至医生。这种做法，事实上等于把风险完全转嫁给了医生。在这种情况下，推诿病人尤其是重病人成为医生的最优选择，明显会激化医生、患者和医保三方的矛盾。这种简单粗暴的管理方式既不利于更好地满足参保患者的医疗需求，也完全无助于实现医院和医生的经济收益最大化，唯一的「好处」是减轻了院长的管理负担。这可能是一些院长的理性选择，更可能是无奈的现实选择。
医保经办机构做不了这种把医保定额分解到医生头上的工作。事实上，各地医保甚至明确禁止医院这种分解指标的做法。就我们看到的资料而言，广州和保定医保都有这样的规定。实际上，即便医保是采取按每住院人次平均定额付费的方式付费，医保年度结算时也是以当年全年实际住院病人数乘平均定额作为医院当年医保支付额。也就是说，医院依然应该从全院角度以全年为周期统筹使用医保资金，而不是简单地按照每住院患者平均定额为限，要求主治医生承担控费任务。
那么，为什么公立医院的院长要分解指标呢？这涉及到公立医院所处的外部市场环境和自身体制两个方面。此部分首先说明外部市场环境方面的原因，下部分谈公立医院体制方面的原因。
公立医院的垄断地位使之能成规模地公开推诿病人。上文已经说明，在总额预付制下，医院有推诿病人尤其是高费用病人的激励。但是，医院除非拥有明显的市场垄断地位，否则很难成规模地公开推诿病人。在缺乏市场垄断地位的情况下，也就是在患者和医保机构均具有较大选择权的情况下，某家医院大量公开推诿病人无疑是自杀之举。但是，如果医院数量有限，少数几家医院就能够合谋一起推诿病人以要挟医保。在国内大部分地区，公立医院「一家独大」，医保机构和患者没有选择余地，公立医院「店大欺客」，推诿难以避免。正如前面所分析的，院长将医保指标分解到科室乃至医生头上这种做法会大大加剧推诿病人的现象。在医保明令禁止这样做的情况下，院长依然这么做，显然是「有恃无恐」，其所恃的正是医院所拥有的行政垄断地位。即便公开推诿了病人，医保和患者又有什么其他选择？
在医院数量较少的情况下，医保经办机构事实上没有对医疗机构的选择权。占据垄断地位的公立医院，背靠卫生行政部门，监控已很困难，遑论取消医保资格？尽管各地一般都规定医院一年内出现一定次数推诿病人现象，就要取消其医保定点资格一段时间。然而，事实上，医保经办部门很难真正通过取消医保定点资格来遏制公立医院推诿病人的做法。在「北上广」三地，三甲医院众多，但这些三甲医院住院患者一半以上来自于外地。由于外地医保部门还无法进行跨区即期结付，外地患者全部是全额自费支付医疗费用。因此这些三甲医院的收入一多半来自于患者自费收入，当地医保部门支付的医保资金不到这些医院的总收入的一半，有些甚至不到30%。因此，包括总额预付在内的这些所谓新型医保支付方式对其基本没有约束力。