实在没办法了,求助熟悉变分自编码器的坛友

  • m
    morrosun
    医学博士在读,程序小白,最近想用VAE对一份基因表达数据进行降维,代码是仿照github上的,https://github.com/suinleelab/DeepProfile同时参考了其他一些文章,如https://mp.weixin.qq.com/s/1K2Lxws_3QmhwzKB3ucIeA
    但是运行的时候老是通不过,断断续续研究一个礼拜了,实在搞不定,特向各位朋友求助。错误为:
    TypeError: Cannot convert a symbolic Keras input/output to a numpy array. This error may indicate that you're trying to pass a symbolic value to a NumPy call, which is not supported. Or, you may be trying to pass Keras symbolic inputs/outputs to a TF API that does not register dispatching, preventing Keras from automatically converting the API call to a lambda layer in the Functional Model.
    更新:楼下N多人都说我数据没处理好,对,我是个小白,但起码的数据处理我还是知道的,好歹也是读到博士了,虽然R和python我都是自学的,但学习能力自认不差,英文我也是能读懂的,我也在数据问题上排查了一个礼拜左右,各种办法我都试了,一直没解决。今天换了个思路,一直搞到刚刚,终于解决了,卖个关子,因为网上没有答案。为啥求助,其实也是我一直怀疑的问题,就想让同样配置了VAE的人也跑下我这个数据,是不是一样的错误,呵呵,没人,一上来就说我数据处理不对,连代码都没跑一遍,都没看看代码,哎。压缩包我删了。
  • x
    xRAIN
    应该上丁香园去问HiPDA·NG
  • E
    Ernest
    没看具体的,只看这个错误的反馈,是你的基因数据有某些字段是符号化的,但试图将其传入 narray(只接受数值),所以报错。如果确实是这样的话,将符号值映射/转化为数值值?不懂你的专业,就错误反馈本身评论下。 iOS fly ~
  • 侯莫陈悦
    同意楼上意见,先做些数据预处理的事,用dataframe查看很方便的
  • 小河直直
    用dataframe把输入数据打出来看看,我看已经用jupyter了,打出来很方便
  • m
    morrosun
    尝试过了 不行的HiPDA·NG
  • m
    morrosun
    没想起来 我等会发那边试试看HiPDA·NG
  • L
    LittleBlue
    auto encoder? 如楼上所述,你这数据预处理没做好。
    这才第一步就卡住了,后面更多坑呢,堪忧啊
  • k
    kevein816
    输入数据格式不对,转一下就好了
  • w
    wwwEagle
    VAE没经验,不过降维方法还有很多,不妨试试PCA,ICA,LDA?