我2019年换过工作，从北京的公司换到深圳的公司，但深圳的公司通过北京的代理来缴纳社保

今年6月份，我补缴了税款。
补缴时，选的深圳的税务机构。因为个税APP里说：有多个缴税地的，可自主任意选择

但今天中午，收到了北京市东城区税务局的短信，说我有欠税没缴纳


于是给东城区税务局打电话，对方说查到我确实有欠税。
但我说：个税APP里已经显示缴完了。
对方说：那没事，如果个税APP里没有就可以

大家有遇到这种情况吗？

我也被吓一跳，直到看到最后，“如果已经办理请忽略”

我好像还真的忘了申报了。想申报的时候发现APP上已经不能申报了。这怎么处理呢？