伊苏系列新旧版的世界观有很多改变，各种设定看起来很混乱，但因为玩家刻意去补老版的内容比较麻烦，同时觉得老版简单被打成黑历史很草率，所以简要列举一下新旧版本设定上的主要区别。
虽然伊苏系列看似作品错综复杂，但是所谓的老版其实就只有原版的伊苏1 2 3代。设定开始变更是从4代（SFC/PCE）就开始了，但是因为家用机版本的4代都不是FALCOM本社制作，所以到重制伊苏1 2代永恒版时FALCOM再次组织了世界观，到6代完全定下由有翼人和暗之一族等主要势力并行的世界。先前1 2 3代用永远的伊苏1 2和菲尔盖纳之誓约更新，同时再加上了伊苏起源作为1 2代的补充。4代的内容则完全推翻并由树海取代，所以树海的内容和老版的4代几乎完全不同。如今的8代虽然在设定上更为庞大，但是应该还没有到再次改变新版伊苏设定的程度。
新老版伊苏1 2的区别主要是伊苏女神的身份变化。原版伊苏的两位女神就是来自天界的女神，治理伊苏国使其获得繁荣。在游戏结尾，菲娜和蕾雅之所以离去是因为通过观察男主角的冒险确定了人可以靠自己的力量生活下去，女神已经没有留下的必要，因此返回了天界。
后来PCE版伊苏4中开始采用了有翼人的设定，使得之前的设定被推翻。但这代有翼人设定和后期作品不一样。在这代因为女神只是不再是真正的神，原本要返回天界变成长住伊苏国的精神领袖。所以在PCE的4代中女神不但可以自由活动，还能直接参与男主角的冒险，同时在1 2代中菲娜和男主角的暧昧关系变成了纯粹的伙伴关系。因此PCE的4代设定既不与老版联系，也无法和新版共存，只能作为单独的一部作品看待。
之后从WIN版永远的伊苏开始有翼人设定沿用并进一步改编，为了封印黑珍珠，女神变成了长期沉睡的状态。在伊苏起源中明确表现了有翼人和暗之一族之间的对抗。
原版伊苏3代与后来最大的区别在于原版的大BOSS加尔巴兰只是一个纯粹的魔王，被一位勇者打倒封印了下半身，游戏最终战时男主角只与其上半身作战并将其打败。在伊苏F中则成了生物兵器，并与有翼人和暗之一族有密切的联系。
有翼人和暗之一族的关系虽然从PCE的4代中最早出现，但真正定下两者主线的是6代，3代改编成菲尔盖纳之誓约再次深化了此设定，伊苏起源则是直接将该设定与1 2代联系在了一起。
伊苏系列新的作品在设定上更符合各代的最新版本，所以与老版本之间产生各种冲突再所难免，与其争论谁才是正史，不如看游戏在新作的基础上如何发展。当然，老版也可根据个人喜好作为单独研究的对象，而非争议的焦点。
