【文献管理】文献管理如何自动化?

  • k
    klizet
    现在假如我从IEEE下载了一堆的pdf,自然它们肯定有相关的citation。其实俺的问题挺简单,怎么管理这些PDF和citation?

    Mendeley 我用了,PDF 元数据抽取率不高,关键它缺了一项对我而言最关键的功能:

    1 有了PDF之后,基本上就有了文章的title
    2 之后到ieee.org搜索这个title,得到一个DOI描述,基本比较新的文章都会有DOI
    3 把DOI填到META DATA栏里面,让mendeley自动根据DOI进行更新

    这一切目前都是手动,求推荐一个可以自动根据title下载citation的文献管理软件。。。

    我觉得这好像很繁琐,也许先下载citation,导入mendeley,再下载pdf file,之后把pdf attatch上去才是正道吗???
  • k
    klizet
    Zotero 可以做到吗?用的来说说?
    EndNote?
  • m
    monneruser
    文献管理我不懂,
    不过看到你发起的这么好的话题帖子竟没人理
    我就帮忙顶一下,同情一下你
    现在在D版不要期望可以深入讨论技术问题或者有深度营养的问题了
    远不如8卦贴 女神棍贴受人关注鸟
    之前我有个ID被Ban了还很想要回来
    现在想想,要不回来更好,
    这混D版也就是浪费时间。
  • 三位药师
    正道:

    1.下载文献
    2.仔细阅读
    3.手工trim信息,到你的endnote之流

    永远不要相信pdf的meta,因为这玩意永远都不标准。每个网站的都不一样。好多pdf的meta不全,甚至有错的。
  • 你知道的忒多了
    1. 用软件提取PDF的相关信息并不准确,尤其是非英文文献
    2. 自动下载需要你在数据库有付费的账号
    3. 有的文献管理软件有下载PDF文档的功能,但并不强大,也不太靠谱,比如下载专利之类的
    4. 一般都是用检索软件匹配关键词来检索,把结果比如citation导入到endnote之类的文献管理软件里面,然后想办法找原文,这个时候如果你有该数据库(比如wiley,SD)账号,就可以设置好软件让它下载了。如果没有账号,那就只好手动找文档,然后当附件。
  • w
    wekow
    PC下Endnote没跑。Mac下可以试一下Papers,唯一入手的正版软件。
  • m
    marion
    招个小工。
  • g
    gemini747
    http://www.douban.com/group/mendeley/希望里面的若干讨论能够吸引你
  • n
    nikeyxun
    citation导入endnote,然后find full text,如果文章是来自于sciencedirect,好像是行不通,只能一篇一篇手工导入,我试过的其他的数据库有权限的话是没有问题的,可以自动找到下载。供参考。
  • k
    klizet
    看来懒人式的从title直接到完美精确的citation和pdf 真的是幻想。

    之前想的,从pdf的reference里面自动抓取另外的pdf,看来就更不可能了。
  • j
    jeadong
    我用 NoteExpress2
    不过也就是管理下标题和关键字,某些文档写了啥还是要人脑去记忆点关键字,配合SERACH EVERYTHING
    另,楼上都是投SCI IEEE的神棍吗?

    =====
    我想起来为啥用NOTEEXPRESS2了,和WORD整合后方便填入参考文献
  • j
    jeadong
    D版比其他论坛好点,目睹一个论坛从讨论本地生活信息到只能靠发XX图搞地域贴来拉拢人气。
  • h
    heifetz
    pdf的reference肯定是抓不出来
    网站的全文可以想办法

    最近发现endnote, noteexpress没有网络云端,跨平台使用着实不方便,想试试zotero
  • s
    simontang
    Papers 有一个 match的功能,可以从多个网站搜索文献的信息,并且自动填进来。
  • k
    klizet
    挖坟,现在觉得jabref真是神器,秒杀mendeley和endnote
  • A
    Auto-Man
    连endnote都没办法,我已经放弃了
    HiPDA Android客户端
  • i
    ishmael
    我是用jabref的啊,但是几乎完全是自己手工孵育信息的啊。
  • k
    klizet
    善用websearch,localcopy
  • w
    wwwEagle
    Qiqqa啊,可以从Google Scholar和Pubmed上半自动的copy,可以导入RIS,可以手工填。

    不带尾巴的链接
    http://www.qiqqa.com

    Features
    http://www.qiqqa.com/About/Features

    附:我自己的带尾巴的链接,谢谢:)
    http://www.qiqqa.com/57751
  • k
    klizet
    谢谢!我去尝试一下。
    jabref的workflow是这样,

    1. citation
    单个title可以从jabref的Websearch组件中自动搜索,导入citation;搜某个方面的文章,我是从ieee上导出bibtex格式的citation,然后生成bibtexkey;

    2. pdf
    在学校的IP内,可以直接访问ieee数据库时,使用localcopy插件自动下载pdf,
    不在学校时,从别的地方下载pdf,存在pdf\bibtexkey.pdf下面

    3. management
    jabref提供了auto set link功能,会自动搜索当前目录和子目录下面的pdf
    link之后,按f4调用外部pdf查看器即可,还可以自定义查看器。

    4. write xmp to pdf
    jabref提供了把author、title、abstract等元数据写入到pdf功能

    1,3,4都可以批量操作,非常方便。
    数据库是bibtex文本,手工编辑也非常自由。
  • z
    zhujunzou
    主要靠脑子记的飘过

    pdf下载下来,存在电脑里,文件名包括期刊名,subfield,文章题目以及发表的小组

    窃以为上这些内容只要文献读了就应该记下来,至少有印象(哪怕只是读了摘要)

    依靠电脑自动管理的问题是,因为来得比较容易,经常堆积了一堆文章却不读,实际上手动整理的时间只占读文献时间的很小一部分,不缺这点时间

    上次旁听某大牛的组会,这位老板可以直接报出期刊号和页数
  • o
    oasiscamel
    mac上的新版papers还不错
    可以直接在里面搜索IEEE数据库
    导入引文的同时可以用内置浏览器下载PDF绑定
    Library同步到Dropbox
  • k
    klizet
    补充俩工具
    git,不多说了
    docfetcher,pdf/ppt/doc index maker
  • 奥沙利文
    不明真相的群众经过。
  • 天蓝一生
    营养贴。收藏+mark
  • m
    merrykid
    我之前用Endnote,现在在用Zotero获取文件,用Mendeley搜索文件,传说Jabref更高大上准备将来试下

    用Endnote获取文件比较麻烦,需要下载citation文件手动导入,然后一堆文件名奇怪的citation看着烦每次清理掉

    用Zotero获取pdf非常方便见到文章Ctrl + Alt + S 一键获取自动下载改名关联pdf不用下载再清理citation文件,在ScienceDirect上一般比较准,但是引文种类不如Endnote全

    Zotero还有个缺点键盘快捷键不全,经常要用到鼠标,我喜欢全键盘流、用vimperator、移动鼠标效率太低

    Mendeley我也在用,自动同步Zotero的数据库,主要是全文搜索结果呈现效果比Zotero好

    那个Jabref websearch组件导入是怎么个流程?比如用google scholar发现一篇文章(通常google的bib都不准),难道要手动复制到websearch里获取citiation?

    -----------------------------
  • w
    wannafly
    回复1#klizet


    直接在menderly里面导入那个pdf, 在右边的侧边栏里面就有个按钮, 按一下就会根据pdf里的信息自动去抓这篇论文的相关信息了。 比较老的论文可能抓不到。
  • s
    spombe
    回复1#klizet

    怎么这么老的帖子?难道大家不知道如今有个神软叫作readcube么?对于不喜欢半手动管理文献的人,readcube不二之选,可以下载引用的文献,还会给你推荐相关文献。
  • 月夜下的冬季
    jabref有endnote过滤器么 批量导出引文支持endnote格式的比较多
    endnote最大问题是下全文只能拉到一部分 有好些还得手动open URL 跳转到出版商处再下 略麻烦
  • 鼠标垫
    一直用Zotero,因为要带学生一起读文献,还花钱订阅了他的云空间。
  • a
    acoada
    Zotero+1 别的没用过。。。
  • k
    klizet
    有,可以import/export,还可以自己写filter
  • k
    klizet
    在俺这个领域VLSI,它对pdf的识别率不高
  • s
    skviolin
    我记得之前有人做过总结的
    读书时候就用endnote,提好的 iOS fly ~
  • 屋大维
    endnote。。
  • k
    klizet
    更新一下最新的workflow:

    1. topic
    从jabref的Websearch组件(IEEE)中根据关键词自动搜索,生成bibtexkey;

    2. pdf
    在学校的IP内,可以直接访问ieee数据库时,使用localcopy插件自动下载pdf,用Journal Pdf,第一次用要清除掉内置IEEE的账号信息,因为使用IP访问的方式;另外设置为保存目录为pdf/$BIBKEY$

    3. management
    jabref提供了auto set link功能(shift+f4),会自动搜索当前目录和子目录下面的pdf
    link之后,按f4调用外部pdf查看器即可,还可以自定义查看器。

    4. write xmp to pdf
    jabref提供了把author、title、abstract等元数据写入到pdf功能

    1,2, 3,4批量操作,全程不开浏览器,无脑下载整理多篇论文的效率提高了1000%,感动到流泪,么么哒!
    snapshot.png
  • p
    peanuto
    马克一下。
  • l
    lomyself
    累不累
  • U
    UGlee
    如果不统计,只是搜索的话,你通通丢到Google Docs里即可。
  • b
    blackbear
    回复1#klizet
    抱歉,手机看贴看不仔细,明显没明白楼主的意思。后面楼主的解决方案很赞。不过毕业用不上了😁:),回复就不删了,权当mark,以后有机会再好好学习一下。
    ~~~~~~~~~~~~~~
    国内土博士,用的notexpress+onedrive。最早原因是notexpress有学校免注册版。
    挂代理的话,靠谷歌学术和IEEE也基本能保证国外文献的智能检索和信息补全。国内文献就更不用踢了。
    和word的整合也不错,投国内外的论文时插入参考文献很方便,有名点的期刊基本都有现成模板,稍加修改就能直接用。
    建立项目的时候将文章和配置文件直接指定到onedrive文件夹,回家在个人电脑上等个10分钟左右就能继续实验室的工作了,再打开notexpress时会直接提示配置文件有更新。
  • h
    htsq
    回复2#klizet


    zotero 挺好的 免费开源 google学术直接保存到zotero
  • m
    mayasir
    Paper不是免费的么
  • y
    yasaka
    科大有门课专门讲文献管理 可以看看
  • x
    xllu
    很学术啊。。。不容易。。。
  • w
    whyes
    我用EndNote管理医学文献,目测90%以上的pdf导入之后可以自动匹配citations,其他领域的未知
  • k
    klizet
    localcopy又挂了,写了个quickfixieeedownloader.py(1.14 KB)
  • 沧浪
    自动批量整理文献看起来省力,实际上有点偏离文献管理的本意。毕竟我们下载文献不是要自己开图书馆,这些文献还是得自己看过,留下印象才算是发挥了作用,在这个过程中随手就可以把引用信息补全了。

    我最近几年一直用的组合是mendeley+endnote,mendeley管理文献和笔记,endnote管理论文中的引用。zotero试过一段时间,但是感觉功能上跟前面这个组合重合太多,就放一边了。如果mendeley能够简化关联PDF与文献条目的步骤,这个组合就非常实用了。
  • b
    brainyard
    如果楼主有了pdf,希望能在文献管理工具中自动以pdf文件为基础检索补全文献索引相关字段,完全可以将下载好的所有pdf文件直接拽入到noteexpress中,NE会自动识别pdf文件里的title(与pdf文件的文件名无关,例如231full.pdf,)并进行自动检索形成文献题录,自然也就会对应相应的pdf全文;个别无法识别的,手动复制title至题录的“标题”字段里,即可在线更新题录。如果楼主有相应数据库全文权限,亦可在NE中选择相应数据库进行题录检索,检索后可利用NE自动下载全文的功能从相应数据库中下载题录对应的全文。
  • k
    klizet
    谢谢。