移動マップの追加
各主人公の現在位置と時間がチャート化され、一目でどこまでプレイしているか分かるようになった。「分岐」「ZAP」のある箇所もアイコンが表示されるので、プレイヤーがどこに「バッドエンドフラグ」「つづく解除のZAP」があるのか把握しやすい。
エンディング映像の変更
音楽の音色（ゲーム機の内蔵音源が違うため）
シルエットモードの追加
『かまいたちの夜』のように人物が影で表示される。実写モードも選択可能である。
シルエットモードでは影になる以外も、一部の演出が簡略化されたり、一部のムービーがカットされて一枚絵になる。なお、『青ムシ抄』のみこのモードでもシルエットにはならず、人物の表示は顔が表示されるアニメ絵のまま。
難易度選択の追加
難易度を日付別にEASY/NORMAL/HARDの3つの中から選択できるようになった。その日を初めて開始するときに選択し、一度選んだ難易度は変更できない。セガサターン版の難易度はHARDにあたる。NORMALとEASYではバッドエンドの数が減らされているため、すべてのエンディングを見るには「HARD」を選択してプレイする必要がある。なお、セガサターン版でピンクのしおり以降に解禁された選択肢はHARD選択時に最初から出現するようになっている。
EASY/NORMALの違いは、HARDとくらべて、バッドエンドに遭遇しにくくなる点。例えば、EASYの場合だと一人のシナリオが進む時、「つづく」までバッドエンドにつかまらずにそのまま話が進むことができる。また、EASYでは2日目以降も全バッドエンドにヒントが追加されている。
隠しシナリオのプレイ条件変更
プレイするために特殊な操作が必要だった『花火』が、ピンクのしおりになるだけで見られるように変更された。その一方で『青ムシ抄』をプレイするためには難易度HARDでのプレイが必須で、長いプレイ時間が必要になった。
真犯人のシルエットが変更（雨宮桂馬シナリオの最後）
より暗いシルエットで表現されている。
文章・設定の一部変更
セガサターン版の青井則生のシナリオでホームレス狩りをする展開があったが、倫理上問題があるということでカップル狩りに変更されたり、性的描写を減少させたことなど。その他のシナリオではTIPなどの一部変更が見られる（牛尾、馬部のシナリオ公募の削除など）。
過激映像の削除と修正
市川のシナリオの腕の断面図の画像が修正されていたり、青井のシナリオのパンチラシーンが一瞬しか見られなくなっている等、暴力や性的なシーンの画像が削除もしくは修正されている。
プリクラの削除
セガサターン版ではピンクのしおりにした場合、一般公募したプリクラを鑑賞、さらに金のしおりにした場合はところどころでプリクラにすげ代わっていた（犬の顔が人間の顔に代わっている等）が、プレイステーション版では全て削除された。また、桂馬シナリオで犯人入力の際に数名のプリクラ公募ユーザーの名前を入力すると、その人物が表示される部分もカットされた。
セーブ方式の変更
セガサターン版ではオートセーブが採用されていたが、プレイステーション版はメニュー画面でセーブする方式に変更された。